Menurut Manuskrip Purwaka Caruban Nagari, pada abad XIV di pantai Laut Jawa ada sebuah desa nelayan kecil bernama Muara Jati. Pada waktu itu sudah banyak kapal asing yang datang untuk berniaga dengan penduduk setempat. Pengurus pelabuhan adalah Ki Gedeng Alang-Alang yang ditunjuk oleh penguasa Kerajaan Galuh (Padjadjaran). Dan di pelabuhan ini juga terlihat aktivitas Islam semakin berkembang. Ki Gedeng Alang-Alang memindahkan tempat pemukiman ke tempat pemukiman baru di Lemahwungkuk, 5 km arah selatan mendekati kaki bukit menuju kerajaan Galuh. Sebagai kepala pemukiman baru diangkatlah Ki Gedeng Alang-Alang dengan gelar Kuwu Cerbon.
Pada Perkembangan selanjutnya, Pangeran Walangsungsang, putra Prabu Siliwangi ditunjuk sebagai Adipati Cirebon dengan Gelar Cakrabumi. Pangeran inilah yang mendirikan Kerajaan Cirebon, diawali dengan tidak mengirimkan upeti kepada Raja Galuh. Oleh Raja Galuh dijawab dengan mengirimkan bala tentara ke Cirebon Untuk menundukkan Adipati Cirebon, namun ternyata Adipati Cirebon terlalu kuat bagi Raja Galuh sehingga ia keluar sebagai pemenang.
Dengan demikian berdirilah kerajaan baru di Cirebon dengan Raja bergelar Cakrabuana. Berdirinya kerajaan Cirebon menandai diawalinya Kerajaan Islam Cirebon dengan pelabuhan Muara Jati yang aktivitasnya berkembang sampai kawasan Asia Tenggara.
RIWAYAT PEMERINTAHAN
Periode Tahun 1270-1910
Pada abad XIII Kota Cirebon ditandai dengan kehidupan yang masih tradisional dan pada tahun 1479 berkembang pesat menjadi pusat penyebaran dan Kerajaan Islam terutama di wilayah Jawa Barat.c Kemudian setelah penjajah Belanda masuk, dibangunlah jaringan jalan raya darat dan kereta api sehingga mempengaruhi perkembangan industri dan perdagangan.
Periode Tahun 1910-1937
Pada periode ini Kota Cirebon dishkan menjadi Gemeente Cheirebon dengan luas 1.100 Hektar dan berpenduduk 20.000 jiwa (Stlb. 1906 No. 122 dan Stlb. 1926 No. 370).
Periode Tahun 1937-1967
Tahun 1942 Kota Cirebon diperluas menjadi 2.450 hektar dan tahun 1957 status pemerintahannya menjadi Kota Praja dengan luas 3.300 hektar, setelah ditetapkan menjadi Kotamadya tahun 1965 luas wilayahnya menjadi 3.600 hektar.
Periode Tahun 1967-Sekarang
Wilayah Kota Cirebon sampai saat ini seluas 3.735,82 hektar. Terbagi dalam 5 kecamatan dan 22 kelurahan. Adapun urutan nama-nama yang pernah memimpin Kota Cirebon
dari jaman Belanda sampai dengan saat ini adalah sebagai berikut :
1920 – 1925 Burger Meester YH Johan
1925 – 1928 Burger Meester SE Hotman
1928 – 1933 Burger Meester Gostrom Slede
1933 – 1938 Burger Meester HEC Kontic
1938 – 1942 Burger Meester HSC Hupen
1942 – 1943 SHITO Asikin Nataatmaja
1943 – 1949 SHITO Muniran Suria Negara
1949 – 1950 Wakil Kota Prinata Kusuma
1950 – 1954 Wakil Kota Mustafa Suryadi
1954 – 1957 Wali Kota Hardian Karta Atmaja
1957 – 1959 Walikota Prawira Amijaya
1959 – 1960 Walikota Moh Safei
1960 – 1965 Walikota RSA. Prabowo
1965 – 1966 Walikota R. Sukardi
1966 – 1974 Walikota Tatang Suwardi
1974 – 1981 Walikota H Aboeng Koesman
1981 – 1983 Walikota Drs. H. Achmad Endang
1983 – 1988 Walikota Drs. Moh. Dasawarsa
1988 – 1993 Walikota Drs. H. Kumaedhi Syafrudin
1993 – 1998 Walikota Drs. H. Kumaedhi Syafrudin
1998 – 2003 Walikota Drs. H. Lasmana Suriaatmadja
2003 – 2008 Walikota Subardi, S.Pd.
2008 – 2013 Walikota Subardi, S.Pd.